Haniyeh dilantik sebagai Perdana Menteri pada 16 Februari 2006 berikutan Hamas diubah dan dibentuk semula pada selepas Hamas menang dalam Pilihan raya legislatif Palestin 25 Januari 2006. Beliau mengangkat sumpah sebagai Perdana Menteri pada 29 Mac 2006. Kemudian beliau meletak jawatan pada 15 Februari 2007 untuk membentuk kerajaan perpaduan antara Hamas dan Fatah. Beliau sekali lagi mengangkat sumpah sebagai Perdana Menteri pada 18 Mac 2007.